微波有熱效應的快速升溫和非熱效應的雙重殺菌作用，相比常規熱力干燥、殺菌能在比較低的溫度和較短的時間就能獲得所需的干燥、殺菌效果。一般微波殺菌設備的殺菌溫度在65—70℃，75—80℃或103—121℃里，時間在3—8分鐘，且能保留更多的食品營養成分和色、香、味、形等風味。

　　微波電能轉換效率高，一般在70%以上。微波是直接對食品進行作用處理，加熱箱體本身不被加熱，因而不存在額外的熱能損耗，所以節能省電，一般可節電30—50%。微波食品干燥、微波殺菌設備操作簡單，便于控制，沒有熱慣性，能根據不同食品工藝規范要求進行處理，減少生產操作人員，降低生產成本。

　　微波殺菌設備是利用微波熱效應和生物效應共同作用。微波對細菌膜斷面的電位分布影響細胞膜周圍電子和離子濃度，從而改變細胞膜的通透性能，細菌因此營養不良，不能正常新陳代謝，生長發育受阻礙死亡。

　　從生化角度來看，細菌正常生長和繁殖的核酸(RNA)和脫氧核糖核酸(DNA)是由若干氫鍵緊密連接而成的卷曲大分子，微波導致氫鍵松弛、斷裂和重組，從而誘發遺傳基因或染色體畸變，甚至斷裂。微波殺菌設備正是利用電磁場效應和生物效應起到對微生物的殺滅作用。實踐證明采用微波裝置在殺菌溫度、殺菌時間、產品品質保持、產品保質期及節能方面都有明顯的優勢。

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